Publication
Keanekaragaman Genetik Ikan Kelinci Bintik Putih (Siganus canaliculatus) pada Habitat Lamun Berbeda di Teluk Ambon Dalam, Indonesia Berdasarkan Urutan CO1 Mitokondria
Keanekaragaman Genetik Ikan Kelinci Bintik Putih (Siganus canaliculatus) pada Habitat Lamun Berbeda di Teluk Ambon Dalam, Indonesia Berdasarkan Urutan CO1 Mitokondria
Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keragaman genetik Siganus canaliculatus di perairan Teluk Ambon Dalam (TAD). DNA spesimen S. canaliculatus yang dikumpulkan dari TAD diekstraksi dari jaringan menggunakan Tissue Genomic DNA Mini Kit, dan gen CO1 parsial diamplifikasi menggunakan sepasang primer universal. Jarak genetik ditentukan dengan Kimura 2-parameter, dan pohon filogenetik dibangun menggunakan metode neighbor-joining dalam perangkat lunak MEGA 10.2.2. Perangkat lunak Arlequin digunakan untuk menganalisis Indeks Fiksasi (Fst) dan Analisis Varians Molekuler (AMOVA). Ada tiga SNP S. canaliculatus dari TAD yang membedakan data sekuens GenBank dari S. canaliculatus. Pada kelompok populasi Tanjung Tiram, terdapat tiga situs spesifik 677 (A), 679 (G), 703 (T) dan dua situs 693 (G), 714 (A) untuk populasi Nania. Haplotipe dan keragaman nukleotida masing-masing populasi berkisar antara 0,000 sampai 1.000 dan 0,000 sampai 0,004. Diferensiasi genetik intra dan interpopulasi masing-masing sebesar 21,19% dan 78,81%. Jarak genetik intra dan interpopulasi masing-masing berada pada kisaran 0,40–1,13 dan 0,00–0,37. Pola dan arah arus pasang surut sebagai penghubung atau penghalang distribusi spasial dan konektivitas larva S. canaliculatus antar habitat lamun, serta keberadaan tekanan antropogenik yang berbeda pada masing-masing habitat lamun, diduga mempengaruhi karakteristik genetik (keragaman genetik, variasi genetik, diferensiasi genetik dan jarak genetik) populasi S. canaliculatus di perairan TAD. Hasil penelitian ini memberikan informasi tentang urgensi pengelolaan perikanan berbasis habitat untuk mendukung pemanfaatan berkelanjutan.